Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

После возвращения из феодальной Японии Бэтмен обнаруживает, что реальность претерпела значительные изменения. Лиги справедливости больше не существует, а Япония парит в воздухе, обрушивая на Готэм ливень, состоящий из представителей якудза.

Вместе с Робином Темный рыцарь отправляется на парящий остров, где сталкивается с альтернативными версиями своих бывших союзников. Эти персонажи теперь сражаются на стороне преступных кланов якудза. Самым опасным среди них является Кураку - могущественный боец, созданный из стали.